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Topic-icon Consulta: guía sobre análisis

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5 meses 3 semanas antes #109926 por Juan
Hola buenas tardes querida foro familia de Fungipedia.org 

En esta ocasión traigo una duda mas que nada orientada al análisis de especies y la incertidumbre que siempre he tenido.

Eh leído en varias oportunidades que ustedes envían muestras a laboratorios para saber que especie de hongo es la que se esta estudiando (yo soy un cero a la izquierda en este tema, mi profesión esta orientada a algo totalmente diferente), entonces mis dudas son y comenzando por lo mas básico y principal.

1) ¿Dónde debo llevar mi muestra para realizar el análisis ? partamos desde inicio no se donde debería llevarse, ¿a un laboratorio bioquímico? ¿laboratorio vegetal? ¿laboratorio de bromatología?

2) ¿Qué tipo de prueba es la que se debe solicitar? ¿análisis biológico molecular? ¿PCR? 

3. Finalmente: ¿es necesario y rentable un análisis como ultima instancia? Ya que no poseo acceso a microscopios y nadie conocido que tenga, entonces no se como mas identificar especies como esta por ejemplo:



Desde ya muchas gracias por su tiempo y por la paciencia que siempre me han tenido 

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5 meses 3 semanas antes #109927 por JOSEP
Respuesta de JOSEP sobre el tema Consulta: guía sobre análisis
Hola Juan, voy a intentar responder a todas tus preguntas, particularmente solo utilizo el recurso de los análisis moleculares cuando con la microscopía no puedo llegar a ninguna conclusión medianamente convincente, y ya te anticipo que no resulta nada barato.
Las muestras las tienes que enviar a algún laboratorio que trabaje con la biología molecular, allí deben proceder a la extracción del ADN de las muestras, luego una amplificación por PCR, y ya solo queda la secuenciación, en lo que se refiere a los hongos, el gen más utilizado es el ITS, todo este proceso suele salir con un coste por muestra de entre 20 y 22 euros.
En muchos casos ni aún así es posible el llegar a ninguna conclusión, sea por una posible contaminación de la muestra (ruido) o por una defectuosa extracción del ADN, por lo que se debe recurrir a lo que se denomina "reversa", o a utilizar quids como por ejemplo el de "basidiomicetos premier", o a una nueva extracción lo que ya eleva notablemente los costes.
En muchos casos suele suceder que el gen ITS por si solo no resulta aclaratorio, por lo que se debe recurrir a otros genes, como el gen LSU, el gen rpb2, el gen tef 1 , etc., etc.
Tengo especies con 4 genes secuenciados y a día de hoy aún pendientes de nombre.
Ya podrás comprobar que recurrir al análisis molecular no lo considero ni necesario y ni mucho menos rentable, ya que en ocasiones y debido a la mala calidad de los datos depositados en Genbank, tampoco resulta fiable el resultado, te dejo el enlace de un trabajo mío en el que después de repetir por dos veces la secuenciación, no estoy para nada de acuerdo con el resultado, es mas estoy seguro al 100% que el resultado es del todo erróneo.
www.fungipedia.org/setas-informacion-y-c...or-buena.html#106963
En cuanto a la especie que nos muestras lo más parecido que conozco estaría por Exidia thuretiana, pero sin micro imposible el poder concretar algo.
Saludos 
El siguiente usuario dijo gracias: Juan

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5 meses 2 semanas antes #109933 por Juan
Respuesta de Juan sobre el tema Consulta: guía sobre análisis
Muchas gracias por la respuesta Josep, ahora si que me ha quedado muchísimo mas claro :D
Una duda mas: si yo tengo un conjunto de muestras para analizar ¿puedo congelarlas (hasta conseguir un microscopio por ejemplo) para analizarlas en el futuro?

Por cierto el enlace que me compartiste de tu estudio en el foro... que increíble!! :O

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5 meses 2 semanas antes #109934 por JOSEP
Respuesta de JOSEP sobre el tema Consulta: guía sobre análisis
Hola Juan, con las muestras lo más adecuado es dejarlas secar al aire, (exsiccatarlas), y guardarlas bien deshidratadas en un recipiente cerrado o simplemente envueltas en papel, luego cuando las quieres analizar solo tienes que rehidratarlas, de todos modos no tengo constancia de que la congelación no funcione, ya que nunca lo he probado.
Saludos.
 

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