Setas en maceta de tomatera

Hola!

Soy super novata en esto del huerto urbano, pero este año he hecho mis pinitos con seis tomateras que han dado u bastantes frutos, sobre todo tardíos. Ahora es cuando más estoy recogiendo y ya veis que fechas son. 

El caso es que lleva lloviendo bastante las últimas semanas y hoy he visto esto. No sé qué hacer con ellas, dejarlas, quitarlas, y sobre todo si pueden contaminar los tomates y volverlos tóxicos, que miedo. 

La planta esta en las últimas, en cuanto termine de cosechar los tomates que quedan la quitare porque está bastante seca ya. No se tampoco si tirar el sustrato o se puede mezclar con mantillo para volver a usarlo. 

Muchas gracias por vuestra ayuda.