Para disfrutar de todas las características de Fungipedia, debes crear una cuenta. Haz clic en el botón "registrarme" para iniciar el proceso de creación de una cuenta.

En primer lugar utilizando el programa de BioEdit, suprimí los picos dobles del inicio y del final de la secuencia.
 


Aquí tuve que realizar la reversa ya que mi secuencia se encontraba en sentido inverso.
Luego ya la puse en el "Blast", aquí seleccioné la opción de "More dissimilar sequences" para que el resultado no fuera un monográfico de pocas especies.
En este paso escogí al azar 19 secuencias que me parecieron interesantes.
 

El documento de texto del resultado del Blast.
 

Aquí toca reemplazar los espacios por "guion bajo" y sacar la información innecesaria.
 

Secuencias sin un Clado externo, en el programa BioEdit.
 

Toca ya proceder con el alineado, para esta función he utilizado la página de Mafft, después del alineado toca suprimir la secuencias demasiado largas correspondientes probablemente a otros genes, dejo el resultado con la zona a eliminar.
 

Ahora toca reemplazar los guiones del principio y fin de las secuencias por interrogantes, para ello utilicé el programa AlliView.
 

Para confeccionar ya el árbol filogenético, utilicé el programa de PhyloSuite, y dentro de este la extensión IQ-TREE
 

Con el resultado en formato .contree, solo tuve que abrirlo con el programa de FigTree.
He aquí el resultado de mi primer "árbol fologenético".
 

En el árbol aunque geneticamente mi Russula se encuentra cerca de la Russula queletii ya la coloca en un Clado distinto, se puede ver en la parte superior de la imágen.
En cuanto vaya averiguando nuevos datos, seguiré ampliando la información en este mismo hilo.
Saludos.
 

Leer Más...

Las cookies de este sitio web se usan para personalizar el contenido y los anuncios, ofrecer funciones de redes sociales y analizar el tráfico. Además, compartimos información sobre el uso que haga del sitio web con nuestros partners de redes sociales, publicidad y análisis web, quienes pueden combinarla con otra información que les haya proporcionado o que hayan recopilado a partir del uso que haya hecho de sus servicios. Para cambiar la configuración o más información pulse en el botón "Más Información".